Mesures de chlorophylle-a par spectrographie et bentotorch basés sur les biofilms photosynthétiques - Observatoire Sélune
Chlorophyll-a measurements by spectrography and bentotorch based on photosynthetic biofilms - Sélune Observatory

  • Français
  • English
  • All

Les communautés microbiennes jouent un rôle majeur dans le fonctionnement des écosystèmes : elles sont à la base de la chaîne alimentaire (production primaire) et participent à la dégradation de la matière organique. Ces communautés sont, de plus, connues pour répondre rapidement à des changements environnementaux. Elles peuvent être utilisées comme indicateurs écologiques, à l'instar des macro-invertébrés.

Les diatomées benthiques sont les organismes photosynthétiques majoritaires au sein de cette communauté biologique. L’abondance relative des différentes espèces permet de calculer un indice de qualité du milieu (IBD). Des fortes différences de communautés entre les zones amont et aval ont été constatés quand les barrages étant en place. Elles seront amenées à évoluer après l’effacement de ces barrages.

Dans le cadre de l'observatoire Sélune ont été disposées des stations pilotes le long du cours principal de la Sélune, réparties de l’amont à l’aval des barrages hydroélectriques. Trois stations se situent dans les anciennes retenues des barrages, les deux autres, dites de référence, sont hors zone d'influence des anciens barrages (l'une étant en aval et l'autre en amont). Dans ces stations, les biocénoses aquatiques (incluant macroinvertébrés benthiques, biofilms, macrophytes...) sont suivies. Depuis septembre 2014, les stations sont idéalement échantillonnées tous les mois d’Avril à Octobre (7 relevés annuels) à l'aide de substrats artificiels (lames de verre disposées dans l'eau). En plus du relevé des diatomées (liste floristique, calcul de l'IBD), la concentration en chlorophylle-a est mesurée.



Lors de chaque campagne, un protocole d'échantillonnage expérimental INRAe est mis en oeuvre. Ce protocole implique des dispositifs d'immersion (1 mois) de lames de verre, une mesure in situ de concentration en chlorophylle-a via BentoTorch puis une récolte du biofilm sur ces lames de verre. Le biofilm est conditionné dans (1) dans de l'éthanol à 99.9% pour la détermination des IBDs et des listes floristiques (prestation externalisée, s'appuyant sur la norme NF T90-354) et (2) dans de l'eau minérale pour mesure de concentration de la chlorophylle-a via spectromètre.



NB : l'année 2023 n'est pas couverte en matière de mesure de concentration en chlorophylle-a via Spectrométrie suite à un problème de conservation basse température des échantillons.



Ce jeu de données propose les mesures de concentration moyenne journalière de chlorophylle-a et de phéopigment en µg/cm2/jour

Microbial communities play a major role in the functioning of ecosystems: they are at the base of the food chain (primary production) and participate in the degradation of organic matter. These communities are also known to respond rapidly to environmental changes. Like macro-invertebrates, they can be used as ecological indicators.

Benthic diatoms are the main photosynthetic organisms in this biological community. The relative abundance of the different species is used to calculate an environmental quality index (EQI). Major differences in communities between the upstream and downstream zones were observed when the dams were in place. These differences will change once the dams are removed.

As part of the Sélune observatory, pilot stations have been set up along the main course of the Sélune, distributed from upstream to downstream of the hydroelectric dams. Three stations are located in the former reservoirs of the dams, while the other two, known as the reference stations, are outside the area of influence of the former dams (one downstream and the other upstream). At these stations, aquatic biocenoses (including benthic macroinvertebrates, biofilms, macrophytes, etc.) are monitored. Since September 2014, the stations are ideally sampled every month from April to October (7 annual surveys) using artificial substrates (glass slides placed in the water). In addition to the diatom survey (floristic list, IBD calculation), the chlorophyll-a concentration is measured.



During each campaign, an INRAe experimental sampling protocol is implemented. This protocol involves the immersion (1 month) of glass slides, an in situ measurement of the chlorophyll-a concentration via BentoTorch and then the collection of the biofilm on these glass slides. The biofilm is conditioned in (1) 99.9% ethanol to determine IBDs and floristic lists (outsourced service, based on standard NF T90-354) and (2) mineral water to measure chlorophyll-a concentration using a spectrometer.



NB: the year 2023 is not covered in terms of measuring chlorophyll-a concentration via spectrometry due to a problem with the low-temperature storage of samples.



This dataset provides measurements of the average daily concentration of chlorophyll-a and pheopigment in µg/cm2/day.

Simple

Date (Creation)
Date (Création)
2025-03-05T16:00:00
Edition

2025
Citation identifier
Identificateur
fr-20250303103810-umrsas-selune-v_bioc_biofilm_chloro_bt_spectro_biofilm
But
Purpose

Cette couche donne les résultats obtenus pour les mesures de chlorophylle-a (bentoTorch et spectrmétrie) ainsi que phéopigment

This layer gives the results obtained for measurements of chlorophyll-a (bentoTorch and spectrometry) and pheopigment
Status
Etat
On going
Mise à jour continue
Point of contact
Organisation name Individual name Electronic mail address Role

INRAE DECOD

Jean-Marc Roussel
Point of contact
Point de contact

INRAE DECOD

Gorzérino Caroline
Point of contact
Point de contact

AESN
funder
funder

Université de Rennes

Pannard Alexandrine
Point of contact
Point de contact

INRAE U3E

Nadine Herrard
Custodian
Gestionnaire
Maintenance and update frequency
Fréquence de mise à jour
As needed
Lorsque nécessaire
Remarque sur la mise à jour
Maintenance note

Dernière mise à jour : 05/03/2024 avec les données de l'automne 2024

Last update: 05/03/2024 with autumn 2024 data
Theme
Thème

  • Données ouvertes

    Open data
Theme
Thème

  • Limite

    Limit

Thèmes INSPIRE

INSPIRE themes

  • Installations de suivi environnemental

    Environmental monitoring facilities

  • Environnement

    Environnement

GEMET

  • biologie

    biology

  • environnement

    environment

  • faune

    fauna
Limitation d'utilisation
Use limitation

Usage libre sous réserve des mentions obligatoires sur tout document de diffusion : "Source : INRAE - U3E"

Unrestricted use subject to the following compulsory wording on all distribution documents: "Source: INRAE - U3E".
Limitation d'utilisation
Use limitation
Access constraints
Contraintes d'accès
Other restrictions
Autres restrictions
Use constraints
Contraintes d'utilisation
License
Licence
Autres contraintes
Other constraints

Pas de restriction d’accès public

No public access restriction
Spatial representation type
Type de représentation spatiale
Vector
Vecteur
Denominator
Dénominateur de l'échelle
25000
Language

fre
Topic category
Catégorie ISO
  • Environment
    Environnement
  • Location
    Localisation
N
S
E
W
thumbnail




Begin date
2014-01-01
End date
2027-12-31
Reference system identifier
Nom du système de référence
RGF93 / Lambert-93 (EPSG:2154)
Geometric object type
Type de géométries des objets
Point
Point

Distributor
Distributeur

Distributor contact
Organisation name Individual name Electronic mail address Role

UMR 1069 SAS INRA - Agrocampus Ouest

Pole GéoSAS
Distributor
Distributeur
Distributor format
Name Version

ESRI Shapefile

1.0

Digital transfer options
Options de transfert numérique

OnLine resource
Protocol Linkage Name

WWW:LINK-1.0-http--link

 		https://programme-selune.com/fr/observatoire/

Observatoire Sélune

Selune Observatory

OGC:WMS

 		https://geosas.fr/geoserver/selune/ows?service=WMS

v_bioc_biofilm_chloro_bt_spectro_biofilm

OGC:WFS

 		https://geosas.fr/geoserver/selune/ows?service=WFS

selune:v_bioc_biofilm_chloro_bt_spectro_biofilm

WWW:DOWNLOAD-1.0-http--download

 		https://geosas.fr/geoserver/selune/ows?service=WFS&version=1.0.0&request=GetFeature&typeName=selune%3Av_bioc_biofilm_chloro_bt_spectro_biofilm&outputFormat=application%2Fjson

Télécharger "Mesures de chlorophylle-a par spectrographie et bentotorch basés sur les biofilms photosynthétiques - Observatoire Sélune" au format JSON

Download ‘Chlorophyll-a measurements by spectrography and bentotorch based on photosynthetic biofilms - Sélune Observatory’ in JSON format

WWW:DOWNLOAD-1.0-http--download

 		https://geosas.fr/geoserver/selune/ows?service=WFS&version=1.0.0&request=GetFeature&typeName=selune%3Av_bioc_biofilm_chloro_bt_spectro_biofilm&outputFormat=csv

Télécharger "Mesures de chlorophylle-a par spectrographie et bentotorch basés sur les biofilms photosynthétiques - Observatoire Sélune" au format CSV

Download "Chlorophyll-a measurements by spectrography and bentotorch based on photosynthetic biofilms - Sélune Observatory" in CSV format

WWW:DOWNLOAD-1.0-http--download

 		https://geosas.fr/geoserver/selune/ows?service=WFS&version=1.0.0&request=GetFeature&typeName=selune%3Av_bioc_biofilm_chloro_bt_spectro_biofilm&outputFormat=SHAPE-ZIP

Télécharger "Mesures de chlorophylle-a par spectrographie et bentotorch basés sur les biofilms photosynthétiques - Observatoire Sélune" au format shapefile

Download "Chlorophyll-a measurements by spectrography and bentotorch based on photosynthetic biofilms - Sélune Observatory" in shapefile format

Digital transfer options
Options de transfert numérique

No information provided.
Hierarchy level
Niveau
Dataset
Jeu de données

Conformance result
Résultat de conformité

Spécification

INSPIRE Data Specification for the spatial data theme Elevation
Date (Publication)
Date (Publication)
2013-12-10
Explication

Non Evalué
Pass
Degré de conformité
No
Généralités sur la provenance
Statement

Listes floristiques et abondances obtenues suivant la norme NF T90-354 (Novembre 2021).



La liste des champs présentés dans ce jeu de données est précisé dans le catalogue associé.

Floristic lists and abundances obtained in accordance with standard NF T90-354 (November 2021).



The list of fields presented in this dataset is specified in the associated catalogue.

Metadata

File identifier
Identifiant de la fiche
991305b9-43bb-4acc-ae31-03e8ed147eb7 XML
Metadata language

fre
Character set
Jeu de caractères
UTF8
Utf8
Parent identifier
e91b4cb1-252d-4ae9-bdf4-24366af7a87c

e91b4cb1-252d-4ae9-bdf4-24366af7a87c
Hierarchy level
Type de ressource
Dataset
Jeu de données
Date stamp
Date des métadonnées
2025-11-06T16:23:54
Metadata standard name

ISO 19115
Metadata standard version

1.0
Metadata author
Organisation name Individual name Electronic mail address Role

UMR 1069 SAS INRA - Agrocampus Ouest

GéoSAS
Point of contact
Point de contact
Other language
Language Character encoding
English
Anglais
French
Français
UTF8
Utf8
 
 

Overviews

overview

Spatial extent

thumbnail

Keywords

Données ouvertes
Open data
Limite
Limit
GEMET

biologie
biology
environnement
environment
faune
fauna
Thèmes INSPIREINSPIRE themes

Environnement
Environnement
Installations de suivi environnemental
Environmental monitoring facilities


Provided by

Access to the catalogue